Os principais destaques da coleção (que conta com cerca de 6558 exemplares, dos quais 1500 expostos no Museu) são os seguintes:

Moedas Obsidionais Holandesas - Cunhadas em palácio, em 1645/46, sob cerco e forte pressão das tropas luso-brasileiras após a derrota na batalha das Tabocas, com ouro vindo da Guiné. São hoje raríssimas, visto que os mercenários a serviço dos holandeses que as receberam, no seu regresso à Holanda, trocavam-nas por emissões regulares, e os luso-brasileiros que as adquiriam em troca de alimentos, de imediato as derretiam, pois a posse das mesmas era prova de crime de alta traição, punido imediatamente na forca. As peças presentes no museu são provenientes do resgate, em 1970, do cofre de um barco holandês afundado na época, nas costas da ilha de ltaparica.

Ensaio Monetário TERRA SANTA CRVSIS - Única peça numismática a ostentar o nome primitivo do Brasil. Existem somente dois exemplares conhecidos, estando o outro no acervo do Banco de Portugal.

Dobrões - Cunhados em 1724/27, por ordem de D.João V (no auge do ciclo do ouro), alem de belíssimos no seu primoroso desenho, apresentam quase 55 gramas de ouro, sendo considerada a moeda de maior valor intrínseco já circulada no mundo.

Barrinhas de Ouro - O ouro lavrado nas minas não podia circular na forma de pó ou pepitas, o que constituía fraude passível de forca. Era necessário que o resultado das lavras fosse levado às casas de fundição para ser "quintado" e em seguida amoedado ou transformado em barras oficiais com todos os sinetes que atestavam a sua validade. Hoje são raríssimas e muito disputadas em leilões, onde alcançam altos preços. O Museu possui seis exemplares magníficos.

Tomada de Cayenna - Quando da vinda da família real para o Brasil, fugindo de Napoleão, D.João VI, em represália, mandou invadir Cayenna, capital da Guiana Francesa. Celebrando tal evento, foi cunhada em 1809, na Inglaterra, belíssima medalha, considerada hoje a primeira medalha militar brasileira.

Peça da Coroação - Quando da coroação de D. Pedro I, em 1º. de dezembro de 1822, foram cunhadas moedas destinadas ao óbulo que tradicionalmente os reis portugueses davam à Igreja no dia de sua coroação. Por ter desagradado o Imperador e apresentar falhas e inconveniências no seu desenho e também por não se dispor de mais ouro, foram cunhados apenas 64 exemplares dos quais apenas 14 são hoje conhecidos. Pelo seu valor histórico, é hoje a moeda mais preciosa da numária brasileira, valendo em torno de 200 mil dólares o exemplar.

Ordem da Rosa - Quando do falecimento de D. Leopoldina, primeira esposa de D. Pedro I, a corte e o povo aguardavam o casamento do Imperador com a sua amante predileta., a Marquesa de Santos. Por razões políticas e por já estarem os sentimentos do Imperador um tanto desgastados, enviou-se emissário à Europa a procura de uma noiva. A escolhida foi a nobre bávara Amélia de Leuchtenberg. Emocionado na chegada da futura esposa, D. Pedro I, ao vê-Ia loura, jovem, de olhos azuis e toda vestida de cor-de-rosa, num arroubo romântico, decreta a Ordem da Rosa, que viria a ser a mais importante condecoração do Império do Brasil. Ostentando no seu centro a frase "Amor e Fidelidade", e no reverso "Pedro e Amélia", é uma bela peça em esmalte, ouro e prata, que pode ser vista no Museu.